अंकीकरण का अर्थ कम्प्यूटर के फॉर्मेट में सूचना संग्रह करना, परिवर्तित करना, भंडारण और उपलब्ध कराना है, जो कि मानकीकृत, व्यवस्थित और साझा प्रणाली से मांग के आधार पर उपलब्ध होती हैं। पाण्डुलिपियों को विशिष्ट स्केनरों और भविष्य में संदर्भ हेतु प्रणालीबद्ध तरीके से उनके संग्रह सहित कम्प्रेस्ड अंकीय (डिजिटल) फॉर्मेट में परिवर्तित किया जाता है।
पाण्डुलिपियों की विषयगत सामग्रियों को संरक्षित करने के क्रम में अंकीकरण प्राथमिक कदम है और यह एनएमएम का दायित्व भी है। प्राचीन पाण्डुलिपियों की स्थिति को ध्यान में रखते हुए इसके सदा के लिए नष्ट हो जाने से पहले, जहां तक संभव हो, पाण्डुलिपियों के खजाने और इसके ज्ञान भंडार को बचाना आवश्यक है।