राष्ट्रीय पाण्डुलिपि मिशन ने अभूतपूर्व विरासत मूल्य की पाण्डुलिपियों की पहचान की है और उन्हें भारत के पाण्डुलिपीय खजाने का दर्जा दिया है| पाण्डुलिपियों का चयन मानवता के लिए उनकी अद्वितीय मूल्य और भारतीय जीवन शैली में, भारतीय विचारधारा के विकास और संस्कृति के विकास में उनके योगदान अथवा केवल ऐतिहासिक महत्त्व (संभवत: किसी क्षेत्र का स्तानीय इतिहास) रखने के कारण किया जाता है|

यह मान्यता प्रदान करने का उद्देश्य अभिलेखाध्यक्षों और संकलनकर्ताओं को इन संसाधनों के महत्त्व को समझाने और उन्हें संरक्षित करने की आवश्यकता के प्रति जागरूक करना है|

विजनैनानिधि के तौर पर पाण्डुलिपियों का चयन: भारत का खजाना

पाण्डुलिपियों का खजाने के तौर पर चयन थकाऊ प्रक्रिया नहीं है बल्कि संकेतात्मक कार्रवाई है| यद्यपि इसका उद्देश्य चुनिंदा खजानों की तुलना में अन्य पाण्डुलिपियों के बीच पदक्रम स्थापित करना नहीं है तथापि चयन समिति ने निम्नलिखित मानदंड अपनाया है:

1. विरासत के तौर पर उत्कृष्टता
2. भारत के बौद्धिक इतिहास में योगदान
3. असुरक्षा
4. प्राचीन अथवा मध्यकालीन इतिहास का भाग

सुरक्षोपाय

इस प्रकार की घोषणा का सर्वाधिक महत्त्वपूर्ण परिणाम यह होगा कि इन पाण्डुलिपियों के लिए विशेष सुरक्षोपाय किए जाएंगे जो निम्नानुसार होंगे:

1. उनके भंडारण के लिए पर्याप्त स्थान और अवसंरचना का प्रावधान
2. निवारक और उपचारात्मक संरक्षण
3. अंकीकरण द्वारा ज्ञान विषय-वस्तु का संरक्षण
4. दुर्लभ पाण्डुलिपियों के मामले में और प्रतियों के लिए ‘बेल-ट्रांसक्राईबिंग’
5. इन पाण्डुलिपियों के आधार पर आलोचनात्मक संपादन, शोध और प्रकाशन करना

भारत के पाण्डुलिपि खजाने

1. कुब्जिका माता (एशियाटिक सोसायटी, कोलकाता)
2. मैत्रेयीव्याकरणम् (एशियाटिक सोसायटी, कोलकाता)
3. सम्पुतटिका (एशियाटिक सोसायटी, कोलकाता)
4. कालचक्रवतारा (एशियाटिक सोसायटी, कोलकाता)
5. ॠगवेद संहिता (भंडारकर ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, पुणे)
6. चिकित्सारसंग्रह (भंडारकर ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, पुणे)
7. उपमीतिभावप्रपंचकथा (भंडारकर ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, पुणे)
8. भागवतपुराण (भंडारकर ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, पुणे)
9. महाभाष्य (भंडारकर ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, पुणे)
10.  शैवागमतंत्र (कलकत्ता विश्वविद्यालय, कोलकाता)
11. अष्टसाहस्त्रिकाप्रज्ञापारमिता (कलकत्ता विश्वविद्यालय, कोलकाता)
12. कृत्तिवासरामायण (कलकत्ता विश्वविद्यालय, कोलकाता)
13. शैवागम (इंस्टीट्यूट फ्रैंकायस डी पॉन्डिचेरी, पॉन्डिचेरी)
14. शून्य सम्पादने (कन्नड़ विश्वविद्यालय, हम्पी)
15. कुरबरारत्तमाला (कन्नड़ विश्वविद्यालय, हम्पी)
16. बासवपुराण (कन्नड़ विश्वविद्यालय, हम्पी)
17. धुल वा (कार्गोन गोम्पा, इगू, लद्दाख)
18. ज्ञ्याद स्टोन्ग्पा (कार्गोन गोम्पा, इगू, लद्दाख)
19. दीवान-ए-हाफीज़ (खुदा बक्श ओरिएंटल पब्लिक लाईब्रेरी, पटना)
20. तारीख-ए-खानदान-ए-तिमुरिया (खुदा बक्श ओरिएंटल पब्लिक लाईब्रेरी, पटना)
21. किताब-अल-हशैष (खुदा बक्श ओरिएंटल पब्लिक लाईब्रेरी, पटना)
22. किताब-अल-तारीफ (खुदा बक्श ओरिएंटल पब्लिक लाईब्रेरी, पटना)
23. चित्राभागवत (कृष्ण कांत हन्दीकी लाईब्रेरी, गुवाहाटी)
24. रत्नमाल्व्याकर्ण (कृष्ण कांत हन्दीकी लाईब्रेरी, गुवाहाटी)
25. उत्तराध्ययनसूत्र (लालभाई दलपतभाई इंस्टीट्यूट ऑफ इंडोलॅजी, अहमदाबाद)
26. शांतिनाथ चरित (लालभाई दलपतभाई इंस्टीट्यूट ऑफ इंडोलॅजी, अहमदाबाद)
27. आर्यभद्र-कलापिका-नामा-महायान-सूत्र (लाईब्रेरी ऑफ तिब्बतन वर्क्स, धरमशाला)
28. यम्बनलोल (मणिपुर राज्य के अभिलेखागार)
29. सुबिका (मणिपुर राज्य के अभिलेखागार)
30. गिलगिट पाण्डुलिपियां (राष्ट्रीय अभिलेखागार, नई दिल्ली एवं श्री प्रताप सिंह संग्रहालय, जम्मू और कशमीर तथा कशमीर राज्य सरकार का राज्य पुरातत्त्व विभाग, अभिलेखागार और संग्रहालय, श्रीनगर)
31. बाबरनामा (राष्ट्रीय संग्रहालय, नई दिल्ली)
32. तुज़ुक-ए-जहांगीरी (राष्ट्रीय संग्रहालय, नई दिल्ली)
33. अर्थशास्त्र (ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, मैसूर)
34. नाट्यशास्त्र (ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, मैसूर)
35. शारदातिलक (ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, मैसूर)
36. सौभाग्यरत्नाकर (ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, श्री वेंकटेश्वर विश्वविद्यालय, तिरुपति)
37. आर्यमंजुश्रीमुलाकलापम् (ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट एवं पाण्डुलिपियां लाईब्रेरी, तितुवन्नतपुरम)
38. गीतगोविंद (ओडिशा राज्य संग्रहालय, भुबनेश्वर)
39. चिकित्सा मंजरी (ओडिशा राज्य संग्रहालय, भुबनेश्वर)
40. आर्षरामायण (राजस्थान ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, जोधपुर)
41. ध्वन्यालोकलोचन (राजस्थान ओरिएंटल रिसर्च इंस्टीट्यूट, जोधपुर)
42. अल-कुरान-अल-मजीद (रामपुर रज़ा लाईब्रेरी, रामपुर)
43. रामायण (रामपुर रज़ा लाईब्रेरी, रामपुर)
44. कालि-वा-डिमना (रामपुर रज़ा लाइब्रेरी, रामपुर)
45. कलीला-व-दिम्ना (रामपुर रज़ा लाईब्रेरी, रामपुर)
46. सर्वरोगहरणगुणगंभीरता अथवा अश्वपहल प्रकाश (विश्वेशवरनंद बिश्वाबंधु इंस्टीट्यूट ऑफ संस्कृत एंड इंडोलॉजिकल स्टडीज़, होशियारपुर)