मिशन ने पाण्डुलिपि भागीदारी केंद्रों के तौर पर मिशन के साथ सहयोग के लिए उन विशिष्ट संस्थानों की पहचान की है जिनके पास बहुतायत में पाण्डुलिपियां हैं|

• इनसे अपेक्षित है कि ये स्वयं अपने संकलन का प्रलेखन करेंगे और उनका कैटलॉग मानुस ग्रंथावली में करेंगे|
• यह संस्थान के स्वयं के कर्मचारियों द्वारा समानुपातिक आधार पर किया जाता है|
• यह कैटेलॉगिंग प्राथमिक पाठ के ही संदर्भ में की जाती है न कि मौजूदा कैटलॉग के आधार पर|

वर्तमान में इस मिशन के साथ 32 पाण्डुलिपि भागीदारी केंद्र सम्बद्ध हैं|

• अबरोल मैन्यूस्क्रिप्ट एंड रेयर बुक लाईब्रेरी, 197, गली तांगा वाली, अपर बाज़ार, जम्मू तवी 180001, जम्मू और कश्मीर
• वृंदावन रिसर्च इंस्टीट्यूट, रमन रेती मार्ग, वृंदावन 281121, उत्तर प्रदेश
• राष्ट्रीय संस्कृत संस्थान (मानित विश्वविद्यालय), गंगानाथ झा कैम्पस, चंद्र शेखर आजाद पार्क, इलाहाबाद 211002, उत्तर प्रदेश
• अमीर-उद-दौला पब्लिक लाईब्रेरी, कैसर बाग, लखनऊ 226001, उत्तर प्रदेश
• सेंट्रल लाईब्रेरी, बनारस हिंदु विश्वविद्यालय, वाराणसी 221005, उत्तर प्रदेश
• दिगम्बर जैन त्रिलोक शोध संस्थान, जम्बूद्वीप, हस्तिनापुर 250404, जिला मेरठ, उत्तर प्रदेश
• हस्तलेखागार एवं संग्रहालय, के.एम. इंस्टीट्यूट ऑफ हिन्दी स्टडीज़ एंड लिंग्विस्टिक्स, बी.आर. अम्बेडकर विश्विद्यालय, पालीवाल पार्क, आगरा 282004, उत्तर प्रदेश

• इदारा-ए-अदाबियत-ए-उर्दू, एवान-ए-उर्दू, 6-3-662/ए, पंजागुट्टा रोड, सोमाजीगुडा, हैदराबाद 500 082, आंध्र प्रदेश
• सालार जंग संग्रहालय, सालार जंग रोड, हैदराबाद 500 002, आंध्र प्रदेश
• दि सी. पी. रामास्वामी अय्यर फाउंडेशन, दि ग्रोव, 1, एलडैम्स रोड, अलवरपेट, चेन्नई 600 018, तमिलनाडु
• इंस्टीट्यूट ऑफ एशियन स्टडीज़, चेम्मनचेरी, शोलिंगानल्लूर पोस्ट, चेन्नई 600 119, तमिलनाडु
• धर्मा आयुर्वेद मेडिकल कॉलेज एंड हॉस्पिटल, 48, ग्रांड वेस्ट ट्रंक रोड, श्रीपेरुम्बदूर 602105, कॉचीपुरम, तमिलनाडु
• श्री शारदा एजूकेशन सोसायटी, 32/2, एवं 4,2 और मेन रोड, गांधी नगर, अडयार, चेन्नई 600 020, तमिलनाडु
• डिपार्टमेंट ऑफ पाम लीफ मैन्यूस्क्रिप्ट्स, तमिल यूनिवर्सिटी, तंजावुर 613005, तमिलनाडु
• दि कुप्पुस्वामी शास्त्री रिसर्च इंस्टीट्यूट, 84, थिरु वी का रोड, (रोयापेट्टा हाई रोड), माईलापोर, चेन्नई 600 004, तमिलनाडु
• श्री पुथिगे विद्या पीठम, श्री सुगुनेंद्र तीर्थ वेद-अगमा संस्कृत कॉलेज, श्री पुथिगे मठ, हिरियदका 576113, जिला उडुपि, कर्णाटक
• मि. वी. रमेश कारंथ, पुनर्वसु, मेन रोड, उलावी, सोराव तालुक, जिला शिमोगा 577434, कर्णाटक
• कर्णाटक स्टेट आर्काइव्स, कमरा सं. 9, विधान सौदा, बंगलोर 560001, कर्णाटक
• श्री श्री जगद्गुरु शंकराचार्य महासम्सतानम, दक्षिणमनया, श्री शारदा पीठम, श्रृंगेरी 577139, कर्णाटक
• एकेडेमी ऑफ संस्कृत रिसर्च, मेलकोटे 571431, जिला मंडया, कर्णाटक
• श्री शंकराचार्य यूनिवर्सिटी ऑफ संस्कृत, कलाडी, जिला एर्नाकुलम 683 574, केरल
• चिन्मया इंटरनैशनल फाऊंडेशन, आदिशंकर निलयम, पी.ओ. वेलियानाड, एर्नाकुलम, केरल

• काशी प्रसाद जायसवाल रिसर्च इंस्टीट्यूट, म्यूज़ियम बिल्डिंग, पटना 800 001, बिहार
• मिथिला इंस्टीट्यूट ऑफ पोस्ट-ग्रेजुएट स्टडीज़ एंड रिसर्च इन संस्कृत लर्निंग, महेशनगर, काबराघाट, दरभंगा 846004, बिहार
• बांकी आंचलिक आदिबासी हरिजन कल्याण परिषद, पी.ओ. बांकी में, जिला कटक 754 008 ओडिशा
• असोम कलागुरु कृस्ति मोंदिर बोधा समाज, एच.ओ. करहाल गांव, पी.ओ. मजूली बोनगांव 785110, जिला जोरहाट, असम

• इंस्टीट्यूट ऑफ राजस्थान स्टडीज़, जे.आर. नगर राजस्थान विद्यापीठ, उदयपुर 313001, राजस्थान
• जैन विश्व भारती इंस्टीट्यूट (मानक विश्वविद्यालय), लाडनन 341306, राजस्थान
• श्री फोर्ब्स गुजराती सभा, तृतीय तल, उत्पल संघवी स्कल के सामने, संत ज्ञानेश्वर मार्ग, जुहू विले पार्ले (वेस्ट), मुम्बई 400 049, महाराष्ट्र
• श्री समर्थ वागदेवता मंदिर, रामवाड़ी, मालेगांव रोड, धुले 424 001, महाराष्ट्र
• बार. बालासाहेब खार्देकर लाईब्रेरी, शिवाजी यूनिवर्सिटी, कोल्हापुर 416004, महाराष्ट्र

• श्री नटनगर शोध संस्थान, सीतामऊ, मालवा 458 990, मध्य प्रदेश